Golden Gate 2: Heart of the Goddess se odehrává několik let po událostech prvního dílu. Příběh sleduje mladého lovce Morrise, jehož minulost je zahalena tajemstvím. Hra se odehrává na ostrově Samoa, který je sice na první pohled poklidným místem, ale v minulosti byl svědkem dramatických událostí. V minulosti jej obývali Hesané - krvaví kultisté, kteří uctívali temnou bohyni Hatiret. Přestože byli Hesané před více než 100 lety vyhlazeni, na ostrově se stále můžeme setkat s mnoha jejich pozůstatky. V průběhu hry odhalíme mnoho záhad a učiníme řadu obtížných rozhodnutí, která vyústí v překvapivý vývoj. Dozvíme se také, jak se vyvíjel osud Bezejmenného a jak hlavní hrdina ovlivnil království Elea.